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《尼爾：機械紀元》的主線故事分為三個流程。雖然前兩個流程有很多重疊部分，但第三個流程清楚地表明，即使第一次通關後，仍然有很多故事值得探索。
雖然您需要完成三個主要流程，但也有許多結局可以體驗，有些結局比其他的更完整，有些結局需要您扮演特定角色並執行特定操作。以下是所有三個可操作角色以及如何在它們之間切換的方法。
《尼爾：機械紀元》所有可操作角色
《尼爾：機械紀元》的故事圍繞著2B、9S和A2展開。2B和9S是搭檔，根據您在每個流程中花費的時間，他們倆可能會獲得最多的遊戲時間。每個角色都有自己獨特的戰鬥風格，一些細微之處讓扮演每個角色都成為一種新的體驗，即使您在所有三個流程中都裝備了相同的插件芯片。2B、9S和A2都是貫穿遊戲始終的可操作角色，但切換角色可能並非易事。
如何切換《尼爾：機械紀元》中的角色
在您第一次遊玩遊戲時，您無法隨時切換角色。您在每個流程中扮演的角色是：
- 流程1 - 2B
- 流程2 - 9S
- 流程3 - 2B/9S/A2，根據劇情需要在各個角色之間切換。
選擇遊戲的主要結局之一後，您將解鎖章節選擇模式，現在您可以選擇扮演的角色。使用章節選擇模式，您可以選擇遊戲的17個章節中的任何一個來重新開始。在許多章節中，您會看到屏幕右側的數字會根據已完成或未完成的支線任務而變化。如果某個角色在該章節中顯示任何數字，您可以選擇以該角色重新遊玩該章節。
一些後期的章節，大部分是流程3，隻會讓您以特定角色遊玩特定章節，這一點不會改變。通過章節選擇，您可以隨時更改角色，但您還需要將遊戲進度更改到該角色在主線故事中可操作的任何位置。隻要您在進入另一個章節之前保存遊戲，在章節選擇模式中完成的任何操作都會保留，讓您在努力達到最高等級時提升所有三個角色的共享等級。
